Après Norris en FP1, c'est donc Piastri qui s'est classé en tête des chronos en FP2. L'Australien a couvert les 5,807 kilomètres du circuit en 1:28.114, soit 49/1000es de moins que Norris. Le Néo-Zélandais Liam Lawson, pour son retour chez RB, a pris la 5e place (+0.445) derrière son coéquipier français Isack Hadjar (+0.404) et la Ferrari de Lewis Hamilton (+0.430).

Les pilotes n'ont pu accomplir qu'un nombre limité de tours à cause des nombreux drapeaux rouges. Ainsi, Max Verstappen (Red Bull) n'a tourné que neuf fois sur le huit de Suzuka. Il s'est classé 8e (+0.556).

La session a rapidement été interrompue en raison d'un impressionnant accident de Jack Doohan. Le pilote australien a écrasé son Alpine dans le mur au premier virage, qu'il a pris à toute vitesse avant de perdre le contrôle du véhicule. Il s'est toutefois relevé et est sorti de sa voiture, mais son erreur le pénalise d'autant plus qu'il n'a pas couru la première séance d'essais libres. Le Japonais Ryo Hirakawa avait disputé celle-ci devant son public et il se tient désormais prêt en cas d'indisponibilité de Doohan pour le reste du week-end.

Un nouveau drapeau rouge a été sorti après que Fernando Alonso a quitté la piste et s'est retrouvé bloqué dans les graviers. L'Espagnol était indemne, mais sa voiture devait être inspectée par les mécaniciens Aston Martin avant de pouvoir repartir. Deux interruptions ont encore perturbé la session, provoquées par des feux dans le gazon autour du circuit.